Os primeiros habitantes da Ilha de Cotijuba foram os índios Tupinambás, que a batizaram com este nome. Em tupi, Cotijuba significa "trilha dourada", talvez uma alusão às muitas falésias que expõem a argila amarelada que compõe o solo da ilha.

Praia Funda

A integração da ilha à cidade de Belém se iniciou em 1784, com a comercialização do arroz cultivado no Engenho Fazendinha. Com a desativação do engenho, a ilha passou a ser habitada, também, por famílias caboclas que sobreviviam do extrativismo.

 Em 1933, quando a criminalidade infanto-juvenil em Belém, foi inaugurado na ilha, o Educandário Nogueira de Faria, construído para abrigar menores infratores, durante a ditadura militar, as instalações do educandário também abrigaram presos políticos. Em 1968, foi construída uma penitenciária na ilha e, por algum tempo, educandário e presídio coexistiram. Porém, logo o educandário foi extinto e a ilha se transformou em ilha-presídio, recolhendo condenados e presos políticos, adultos e menores, com um sistema penal violento e arbitrário.

Praia do Vai quem quer

 A Constituição Brasileira de 1988 transferiu Cotijuba ao domínio municipal de Belém, quando houve o despertamento do interesse de veranistas atraídos pela riqueza da sua biodiversidade e pela sua proximidade da capital paraense.

Em 1990, através de Lei Municipal, a Ilha de Cotijuba foi transformada em Área de Proteção Ambiental, fato que obriga a preservação das suas ricas fauna e flora e proibe a circulação de veículos motorizados, exceto os de segurança e saúde. Hoje, Cotijuba é um patrimônio a ser visitado, preservado e valorizado pela humanidade. É uma ilha cheia de Amazônia e de Amazônidas.